Можно использовать GroupDocs.Comparison для получения отчета о различиях в файлах MOBI.
- Установите GroupDocs.Comparison for .NET из Nuget, используя менеджер пакетов
- Укажите экземпляр класса Comparer с полным путем к исходному файлу MOBI
- Добавьте хотя бы еще один MOBI к Comparer
- Получите окончательный отчет с точно описанными отличиями