Можно использовать GroupDocs.Comparison для получения отчета о различиях в файлах MSG.
- Установите GroupDocs.Comparison for .NET из Nuget, используя менеджер пакетов
- Укажите экземпляр класса Comparer с полным путем к исходному файлу MSG
- Добавьте хотя бы еще один MSG к Comparer
- Получите окончательный отчет с точно описанными отличиями